Sempre sito in Piazza Duomo si trova il Palazzo Nuovo del Podestà, detto più semplicemente Palazzo Comunale o Palazzo del Popolo. Al suo interno è possibile trovare la sede storica dei Musei Civici di San Gimignano, con la cisterna del 1361 posta all'ingresso e gli affreschi del Sodoma.

Lungo il percorso predisposto all'interno si possono amminare alcuni stupendi cicli di affreschi, tra cui la Sala di Dante, in cui sono raffigurate scene di caccia e di torneo. Da non perdere: la Camera del Podestà.

L'edificio del Museo Civico ospita anche la Pinacoteca della cittadina, in cui si possono ammirare numerose opere (tra cui quelle di Pinturicchio e di Filippino Lippi) nonché la Torre Grossa, la torre più alta di San Gimignano (altezza a cui deve il suo nome) da dove godere di uno spettacolo unico.